为科学制定渔业资源保护对策和管理措施，于2018年3月、7月、10月、12月在罗口溪黄尾鲴国家级水产种质资源保护区开展鱼类资源现状探捕调查。结果表明：保护区鱼类有36种，隶属4目9科31属，其中拟腹吸鳅（Pseudogastromyzon fasciatus）为福建省特有种，鳗鲡（Anguilla sp.）、鱤（Elopichthys bambusa）、赤眼鳟（Squaliobarbus curriculus）等19种为国家重点保护经济鱼类。保护区鱼类区系特点以江河平原区系成分、杂食性鱼类和漂流性卵为主。优势种有黄尾鲴（Xenocypris davidi）、翘嘴鲌（Culter alburnus）、黄颡鱼（Pseudobagrus fulvidraco）、罗非鱼（Tilapia sp.）、大眼鳜（Siniperca kneri）、三角鲂（Megalobrama terminalis）等6种，常见种有细鳞斜颌鲴（Plagiognathops microlepis）、鲤（Cyprinus carpio），鲢（Hypophthalmichthys molitrix）等3种。主要渔获经济鱼类产卵时间集中在4—6月份。保护区属科多样性指数（G-F指数）为0.13，Shannon-Wiener指数为2.32。